1本館

初代本館は、1909年に竣工。広島原爆ドームで知られるヤン・レツル氏が設計した木造4階建の洋風建築で、赤いレンガでおおわれ、中央には高い塔がそびえ立っていました。しかし関東大震災で崩壊。２代目本館は、1925年に竣工。帝国ホテルの建築などで知られるアントニン・レイモンド氏の手によるもので、gonzos quest 初の鉄筋コンクリートの3階建でした。しかし第二次世界大戦の戦禍で1945年に焼失。3代目となる現在の本館は、1956年に完成した鉄筋コンクリート3階建の建物です。現在は音楽室、美術室、視聴覚室、選択授業教室などが配置され、一部は修道院となっています。

2学童保育「ジョアニークラブ」

2016年度より本館2階に開設された、学童保育です。宿題や学習をするための教室と、自由に活動できる教室があります。放課後に児童が安心して過ごせるよう、家庭的な温かい雰囲気の環境を整えています。

3初等科校舎

アントニン・レイモンド氏設計により1928年、施工。窓が二連ずつ大小の柱を間にくり返された、タータンチェック模様が特徴です。校舎はロの字型になっていて、廊下が広く、中庭になっているみこころ広場から明かりが自然に差し込みます。地階には特別教室、1階は1年生から4年生までの教室、2階には聖堂、講堂が配置されています。

4聖堂

1928年に完成したアントニン・レイモンド氏設計による聖堂です。ミサや宗教行事、聖堂朝礼などに使われ、ジャックポットスロット の祈りの場として大切にされています。内装木材の一部は、百年前にフランスの聖堂から運ばれ、創立者聖マグダレナ・ソフィアが腰掛けられたベンチが今でも大切に日常的に使われています。戦時中焼夷弾を被弾して本館校舎に火の手があがった際には、聖堂の扉の直前で火勢が衰え被害を免れたという逸話があります。

5講堂

初等科校舎2階に配置されています。入学式、卒業式などの行事や朝礼などが行われています。天井が高く、たくさんの窓からは四季折々の自然が楽しめます。

6理科館

2階に生物室、3階に化学室、4階に物理室と地学室があり、屋上には天文台があります。

7天文台

理科館の屋上に位置する天文台には、ドームの中に1963年設置の貴重な大型屈折望遠鏡があります。日中は太陽の観測をしたり、理科部の生徒が宿泊して夜間天体観測をしたりしています。

8中・高等科　図書室

蔵書約68,000冊を誇る図書室です。11・12年生のための自習室も備えています。三面がガラス張りで、春の桜、夏の新緑、秋の紅葉と四季折々の美しい自然に包まれて豊かなひと時を過ごすことができます。

9中央校舎

1992年竣工。１階は９年生の教室、2、3階はセカンドステージの5～8年の教室が配置されています。2階の職員室前は3階に向けて吹き抜け・天窓になっており、明るく開放感あふれる校舎です。

10高等科校舎

2013年竣工。広々とした教室前フリースペースは三面ガラス張りとなっており、校舎の豊かな自然で彩られ、交流や諸活動もできるゆとりの空間です。

11ソフィア・バラ ホール

1978年、創立70周年記念講堂として完成しました。入学式や卒業式などの儀式的行事やクリスマスウィッシング、みこころ祭の公演など、各種行事を執り行います。

12グラウンド

１周155ｍ。面積約3073㎡。体育の授業、運動会、体育大会、初等科の昼休みの遊びなどで思い切り体を動かす場所です。子どもたちは豊かな自然に触れながら、四季の移り変わりを全身で感じることができます。

13正門

1909年完成。ヤン・レツル氏設計。日本に現存するレツル氏の建造物は広島原爆ドームと本校正門の2件のみで、東京都歴史的建造物に指定されています。煉瓦造り（移築後はコンクリート造り）でクラシックな洋風建築ですが、屋根は亀の甲形で、門の両側の門柱にも左右対称に亀が刻まれ、どことなく日本的な雰囲気を漂わせる独特なデザインです。

14テニスコート

都内では恵まれた7面コートで、そのうち5面は多目的コートとしても利用されています。

15第2体育館

1974年完成。2008年に改装し、太陽光を利用した蓄熱装置、ドライミストなど、環境に配慮した空調設備を設置しています。

16デュシェーンホール

100周年記念事業の一環として、安藤忠雄氏設計により2008年完成した多目的ホールです。3階に200名を収容できるホール、1・2階に小教室が配備され、共に祈り、学び、思索する場として活用されています。

17屋内プール

1968年完成。雨天でも泳げる室内温水25ｍプールです。

18第1体育館

日ごろの体育の授業や部活動および雨天と冬季の全体朝礼が行われます。マルチメディア教室やＬＬ教室、被服室、調理室などの配置された第1特別棟と接続しています。

19イエスのgonzos quest 像

「疲れた者重荷を負う者は、だれでもわたしのもとに来なさい」というイエスのgonzos quest を表した御像。両手を広げ、棘で囲まれ剣に刺された心臓からは愛の炎が燃えています。この御像は、どの姉妹校にも置かれています。

20マーテル・アドミラビリス

祈り、学び、働くという若々しいマリアの姿勢は、神を信頼し生きるgonzos quest の生徒の理想とする姿であり、世界中の姉妹校で親しまれています。原画は、ローマのトリニタ・デ・モンテにあります。